Исчезновение Харухи Судзумии

Наступила середина декабря, и глава клуба SOS, Судзумия Харухи, объявляет, что Рождество будет отмечаться в комнате клуба с рождественским ужином. Члены клуба начинают готовиться к этому событию, но неожиданно в их жизни начинают происходить странные вещи. По дороге в школу Кён замечает, что мир вокруг него кажется не таким, как обычно. Разговоры с Танигути становятся невнятными, а сам он внезапно заболевает и не помнит вчерашних событий.

В классе отсутствует Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая ведёт себя так, будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато, которая раньше была членом литературного клуба, теперь предстаёт перед ним как обычная девушка. Все эти события заставляют Кёна задуматься: а существует ли вообще бригада SOS, и была ли Харухи здесь когда-то?

Кён понимает, что мир, в котором он сейчас находится, не такой, как прежде. Ни бригада SOS, ни Харухи, которая была её лидером, больше не существуют. Все воспоминания о них исчезли, как будто их никогда не было. Кён оказывается в странном, параллельном мире, где всё изменилось, а он единственный, кто помнит прошлую реальность. Теперь ему предстоит разобраться, что произошло и как вернуть всё на свои места.